（一）保函有从属性保函和独立性保函之分，备用信用证无此区分
保函作为人的担保的一种，它与它所凭以开立的基础合同之间的关系是从属性亦或是独立的关系呢？据此，保函在性质上有从属性保函和独立性保函之分。传统的保函是从属性的，保函是基础合同的一个附属性契约，其法律效力随基础合同的存在、变化、灭失、担保人的责任是属于第二性的付款责任，只有当保函的申请人违约，并且不承担违约责任时，保证人才承担违约责任时，保证人才承担保函项下的赔偿责任。而申请人是否违约，是要根据基础合同的规定以及实际履行情况来作出判断的，但这种判断显然不是件简单的事，经常要经过仲裁或诉讼才能解决其中的是非曲直。所以当从属性保函项下发生索赔时，担保人要根据基础合同的条款以及实际履行情况来确定是否予以支付。各国国内交易使用的保函基本上是从属性质的保函。
独立性保函则不同，它虽是依据基础合同开立，但一经开立，便具有独立的效力，是自足文件，担保人对受举益人的索赔要求是否支付，只依据保函本身的条款。
独立性保函一般都要明确担保人的责任是不可撤销的、无条件的和见索即付的。保函一经开出，未经受益人同意，不能修改或解除其所承担的保函项下的义务；保函项下的赔付只取决于保函本身，而不取决于保函以外的交易事项，银行收到受益人的索赔要求后应立即予以赔付规定的金额。见索即付保函就是独立性保函的典型代表。
独立性保函是二战后为适应当代国际贸易发展的需要，由银行和商业实践的发展而逐步确立起来的，并成为国际担保的主流和趋势，原因主要在于：，从属性保函的发生索赔时，担保银行须调查基础合同履行的真实情况，这是其人员和专业技术能力所不能及的，且会因此被卷入到合同纠纷甚至诉讼中。银行为自身利益考虑，绝不愿意卷入到复杂的合同纠纷中，使银行的利益和信誉受到损坏，而趋向于使用独立性保函。而且银行在处理保函业务时，正越来越多地引进信用证业务的处理原则，甚至有的将保函称为担保信用证。第二，独立性保函可使受益人的权益更有保障和更易于实现，可以避免保函申请人提出各种原因如不可抗力、合同履行不可能等等来对抗其索赔的请求，避免对违约人起诉所花费大量的金钱、精力及诉讼旷日持久等缺陷，可确保其权益不至因合同纠纷而受到损害。
备用信用证作为信用证的一种形式，并无从属性与独立性之分，它具有信用证的“独立性、自足性、纯粹单据交易”的特点，受益人在该信用证为准，开证行只根据信用证条款与条件来决定是否偿付，而与基础合约并无关。
（二）保函和备用信用证适用的法律规范和国际惯例不同。
由于各国对保函的法律规范各不相同的，到目前为止，尚未有一个可为各国银行界和贸易界广泛认可的保函国际惯例。独立性保函虽然在国际经贸实践中有广泛的应用，但大多数国家对其性质在法律上并未有明确规定，这在一定程度上阻碍了保函的发展。
保函的办理，特别是分离式保函，也就是通过担保公司办的。保函办理的流程是收集资料，先委托担保合同，银行过审，打款出保函。由于建筑行业存在很多挂靠项目，收集资料和签合同是办理银行保函难的地方，部分项目无法配合签字盖章，造成了银行保函无法成功办理。
保函担保属于信用担保，银行给企业提供信用担保，企业自身的信用比较关键，企业信报上如果有诉讼时，会要求提供相应的处理说明，如果是失信企业，则无法办理银行保函。因此，开始办理银行保函时，都会先查企业征信。
问：中标后十天内，自愿将不低于合同总价10%的银行履约保函或不低于合同总价5%的履约保证金呀存在区招标投标交易中心，该选择哪种模式办理？
答：银行履约保函，根据甲方的银行履约保函格式向银行提出履约保函申请，银行会认真而苛刻的审查你提出的格式和条款，银行会修改保函中的条款，程度地降低自己的风险和责任。
这个时候你还要反复的征求甲方的意见，再和甲方商量修改条款。申请以后，银行的名义开出履约保函，在保函有效期内。你要找甲方去要，还要拍他的马屁，如果他心情不好，即使合同执行中你没有犯一点点错误，他随便找个借口，要钱？呵呵，现在公司资金紧张，这个月没有做付款计划，领导不在签不了字等等。
履约保证金比较简单，直接交钱，比如你上面说的5%给甲方，是对合同履行的一种现金保证。比较银行履约保函，虽然手续繁琐，但在保函中根据合同条款或双方约定，更是银行的要求，都有一个明确的有效期限年月日，到了这，你的钱就会自动从银行获得自由，并不需要甲方同意或不同意，因此不用再看甲方的脸色了。建筑企业中一级、二级资质不用缴纳保证金到银行，当然不排除质保金在仍然在甲方手中。
所以，银行履约保函一方面盘活资金，有利于减轻建筑企业负担，另一方面，保函代替保证金，有利于规范市场秩序，建立健全信用体系，提升工程建设单位整体形象。